Fragmenta Islamica: Beberapa studi mengenai sejarah Islam di Indonesia awal abad
Islam nusantara : dari ushul fiqh hingga paham kebangsaan
Peran dakwah damai habaib/'alawiyin di Nusantara
Paradigma Islam dalam pembangunan ilmu integralistik: Membaca pemikiran Kuntowijoyo
HTI dan PKS menuai kritik : perilaku gerakan Islam politik Indonesia
Artikulasi politik santri : dari kyai menjadi bupati
Gerakan sosial Islam : manifesto kaum beriman
Gerakan Islam non mainstream dan kebangkitan Islam politik di Indonesia
Pembaharuan hukum Islam di Indonesia
Mengapa ummat Islam mempertahankan pendidikan agama dalam sistim pendidikan nasional?