Tafsir sesat : 58 essai kritis wacana Islam di Indonesia
Panorama pemikiran Islam (1) : wawasan tentang ketuhanan, kemanusiaan, dan hari akhir
Gerakan takfiri : bahayanya bagi Islam dan kaum muslimin
Spiritualitas kemanusiaan : perspektif Islam pesantren
Tauhid & fisika : kenyataan fisika dalam kesadaran tauhid
Islam membaca realitas : pendidikan, kemanusiaan, dan perempuan
Kimia kehidupan : model integrasi sains-agama sebagai panduan pendidikan karakter dalam pembelajaran kimia
Teologi Islam : potret sejarah dan perkembangan pemikiran mazhab kalam
Sains islam : yang mengagumkan sebuah catatan terhadap abad pertengahan