Kritik nalar Al-Qur'an
Tafsir tarbawi : mengungkap pesan Al-Qur'an tentang pendidikan
Menafsir kalam tuhan : kritik idiologis interpretasi al-Quran Ibn Rusyd
Tafsir ayat-ayat manajemen : hikmah idariyah dalam Al-Qur'an
Ragam fawatih as-suwar : inventarisasi ulama salaf dan perspektif baru
Menalar autentisitas wahyu Tuhan
Al-Qur'an berjalan : meneladani nabi Muhammad, ulama, dan santri
Rekonstruksi sejarah Al-Quran
Tafsir tarbawi : nilai-nilai pendidikan dalam al-Quran
Pengantar psikologi al-Qur'an : dimensi keilmuan di balik mushaf Utsmani