Syarh asy Syifa li al Qadi `Iyad
Reformasi paradigma keilmuan Islam: Meneguhkan epistemologi keilmuan, menggerakkan pendidikan Islam
al-Qaid li ta'lim maharat al-istima'
Menegakkan pluralisme : fundamentalisme-konservatif di tubuh Muhammadiyah (esai-esai pemikiran Moh. Shofan daj refleksi kritis kaum pluralis)
Filsafat hukum
Pengembangan wilayah : teori dan aplikasi
Fiqh HAM : ortodoksi dan liberalisme Hak Asasi Manusia dalam Islam
Sosiologi hukum
Biologi tanah : ekologi dan makrobiologi tanah
Dasar kelayakan proyek arsitektur dan ekonomi bangunan